Mikrobiologiczne zanieczyszczenie nie jest specyficznie połączone z zastosowaniem paliwa. Paliwa do statków, samolotów, sektora samochodowego czy paliwa grzewcze w domu są wrażliwe na zanieczyszczenia mikrobiologiczne. Nie ma też konkretnego wyodrębnionego organizmu, który jest odpowiedzialny za degradację. Jako generalną zasadę przyjęto, że wszędzie tam gdzie woda wchodzi w kontakt z paliwem (jak np. podczas składowania czy transportu) może dojść do mikrobiologicznego zanieczyszczenia.

Bez znaczenia jak dobrze system przechowywania paliwa jest obsługiwany, brud i woda są i będą zawsze obecne. Doprowadzają do tego poniższe przyczyny:

• Rafinowane paliwa zawierają część wody. Ta woda odseparowuje się z paliwa podczas obniżenia temperatury

• Kondensacja atmosferyczna: wilgoć z powietrza kondensuje się w zbiorniku i dodaje się do wody na dnie zbiornika

• Deszcz i śnieg może dostać się do zbiornika poprzez wentylacje, podczas pobierania próbek lub przez źle uszczelnione górne włazy

• Transport i przechowywanie na tankowcach i statkach może doprowadzić do zanieczyszczenia wodą balastową.

Oczywiście jest jeszcze wiele innych możliwości dostania się wody do paliwa.

Powyższe czynniki prowadzą do akumulacji wody w zbiorniku i uformowania warstwy wody. Mikroorganizmy są przenoszone z wodą. Kiedy powstanie odpowiednia warstwa wody, mikroorganizmy zaczynają się namnażać. Dla wielu rodzajów tych organizmów znajdujących się w wodzie węglowodory z paliwa to znakomita pożywka. Rezultatem jest eksplozja rozwoju; mnożą się na powierzchni styku wody z paliwem, żyją w wodzie ale żywią się w paliwie.

W początkowej fazie organizmy zanieczyszczające to głównie tlenowce. Rozpuszczony w wodzie tlen służy im do oddychania. Jeśli dopływ tlenu ustanie zaczną rozwijać się organizmy beztlenowe znane jako bakterie siarczanowe. Te organizmy nie potrzebują tlenu do oddychania i tworzą korozyjne odpady takie jak siarkowodór.

Konsekwencje wzrostu organizmów mikrobiologicznych:

W momencie rozwoju populacji mikrobiologicznej jakość paliwa się pogarsza. Jak opisujemy dalej paliwo staje się mętne, korozyjne i może zapychać filtr, a dodatki uszlachetniające zneutralizowane. Te wszystkie zmiany są bezpośrednio związane z obecnością mikro organizmów.

Mętne paliwo

To jest ewidentny znak że paliwo nie spełnia norm. Początkowa mętność może być spowodowana zwiększoną zawartością wody w paliwie produkowaną przez substancje aktywne biologicznie. To są produkty uboczne wzrostu mikrobiologicznego i ich wpływu na napięcie powierzchniowe na styku woda/paliwo. Konsekwencją jest zwiększona rozpuszczalność wody w paliwie.