Nienależycie prowadzono w COI testy integracyjne CEPiK 2.0 z systemami interesariuszy (m.in. z systemami PWPW, Policji i starostw) - realizowano je w środowisku nieadekwatnym do środowiska, w którym faktycznie system będzie funkcjonował. Tym samym testy te nie mogły potwierdzić sprawnego działania systemu. W konsekwencji, po uruchomieniu systemu CEPiK 2.0 w dniu 13 listopada 2017 r.,ujawniło się wiele istotnych usterek i błędów w zakresie ewidencji pojazdów.

Z informacji uzyskanych ze starostw i urzędów miast na prawach powiatu wynika, że uruchomienie CEPiK 2.0 w części dotyczącej Centralnej Ewidencji Pojazdów w dniu 13 listopada 2017 r. znacząco utrudniło obsługę obywateli w zakresie rejestracji pojazdów ze względu na błędy i braki występujące w tym systemie. Przede wszystkim:

• nastąpiło znaczne wydłużenie czasu obsługi sprawy
• zmniejszyła się liczba realizowanych spraw w porównaniu z okresem przed udostępnieniem CEPiK 2.0
• niemożliwe było załatwienie niektórych rodzajów spraw
• w pierwszych dniach funkcjonowania CEPiK 2.0 w części urzędów, szczególnie w dużych miastach, brak było dostępu do systemu.

Do opóźnień w realizacji CEPiK 2.0 przyczyniły się m.in. częste zmiany koncepcji organizacji wytwarzania tego systemu w latach 2013-2016, w tym m.in: przeprojektowanie architektury systemu, przemodelowanie zakresu projektu, modyfikacja harmonogramu prac czy zmiana formuły realizacji przedsięwzięcia z projektowej na programową (co wiązało się z dokonaniem kolejnych zmian w strukturze przedsięwzięcia, procedurach oraz z wprowadzeniem etapowego wdrażania systemu CEPiK 2.0). Ponadto, część prac programistycznych wymagała ponowienia.

Sprawnej realizacji systemu nie sprzyjała też  duża rotacja kadr w COI. Prace przy budowie tego systemu zlecano osobom o niewielkim doświadczeniu zawodowym oraz krótkim stażu pracy. W całym okresie realizacji CEPiK 2.0 funkcję kierownika projektu w COI pełniło pięć osób, spośród których cztery nie posiadały doświadczenia zawodowego związanego z zarzadzaniem projektami informatycznymi.

Zadania MC w zakresie Programu CEPiK 2.0 wykonywali w większości pracownicy COI delegowani do MC, a Biuro Programu CEPiK 2.0 w MC składało się wyłącznie z pracowników COI, choć w świetle Karty Programu CEPiK 2.0 powinno składać się zarówno ze specjalistów z COI, jak i z MC. Ponadto, MC powierzyło przeprowadzenie w 2017 r. kontroli stanu realizacji zawartej z COI umowy, pracownikowi COI oddelegowanemu do pracy w Ministerstwie, co rodzi pytanie co do jego pełnej bezstronności. NIK ocenia, że powyższe działania mogły prowadzić do konfliktu interesów przy podejmowaniu decyzji zarządczych w Programie CEPiK 2.0.