Ponadto, nałożono na organizatorów przewozów szereg kosztownych i czasochłonnych obowiązków, przy jednoczesnym bardzo krótkim czasie ich realizacji. Chodzi tutaj o tworzenie tzw. planów transportowych linii komunikacyjnych i uwzględnianie w nich wykorzystywania pojazdów elektrycznych lub napędzanych gazem ziemnym, a także wskazywanie terminu planowanego rozpoczęcia ich użytkowania. Takie plany transportowe mają być wykonywane przez każdą jednostkę samorządu terytorialnego i wymagają przeprowadzania szeregu badań i analiz, których wykonanie obciążać będzie budżet danej jednostki.

Niemałą uciążliwością może stać się również obowiązek nakładany, tym razem przez organizatorów, na operatora lub przewoźnika, do przekazywania we właściwym czasie informacji i dokumentów potwierdzających, że spełnia on wymagania ustawowe i warunki określone odpowiednio w umowie o świadczenie usług w zakresie publicznego transportu zbiorowego lub w potwierdzeniu zgłoszenia przewozu. Niewypełnienie tego obowiązku obwarowane jest karą finansową w wysokości 1000 zł. Na podstawie zapisów przywołanego artykułu samorząd będzie mógł oczekiwać zarówno od operatorów, jak i od przewoźników komercyjnych, przekazywania danych o liczbie pasażerów i przychodowości poszczególnych kursów czy też linii.

Dość ryzykowne jest obciążenie organizatorów obowiązkami związanymi z kontrolą strat operatorów z tytułu honorowania ulg ustawowych oraz weryfikowanie wniosków i dokumentów potwierdzających utracone przychody.

Niezrozumiałe są również propozycje stosowania przepisów przejściowych. Zgodnie z projektem, postępowania w sprawach potwierdzeń zgłoszenia przewozu wszczęte na podstawie przepisów ustawy o publicznym transporcie zbiorowym, niezakończone decyzją ostateczną przed dniem wejścia w życie nowelizacji, podlegają umorzeniu. Analogicznie, postępowania w sprawach umów o świadczenie usług w zakresie publicznego transportu zbiorowego wszczęte i niezakończone przed dniem wejścia w życie nowelizacji, nie będą kontynuowane. Umowy o świadczenie usług w zakresie publicznego transportu zbiorowego, zawarte na podstawie przepisów ustawy o publicznym transporcie zbiorowym przed dniem wejścia w życie nowelizacji, mogą obowiązywać przez okres na który zostały zawarte. Z kolei przewoźnicy, którzy uzyskali potwierdzenie zgłoszenia przewozu wydane na podstawie zgłoszenia przed dniem wejścia w życie nowelizacji, będą musieli dokonać zwrotu potwierdzenia zgłoszenia przewozu do właściwego organizatora.